R语言 limma包 alias2Symbol()函数中文帮助文档(中英文对照)

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alias2Symbol(limma)
alias2Symbol()所属R语言包：limma

                                        Convert Gene Alias to Official Gene Symbols
                                         官方的基因符号转换基因的别名

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Maps gene alias names to official gene symbols.
图基因别名官方基因符号。


用法----------Usage----------


alias2Symbol(alias, species = "Hs", expand.symbols = FALSE)
alias2SymbolTable(alias, species = "Hs")



参数----------Arguments----------

参数：alias
character vector of gene aliases
特征向量的基因别名


参数：species
character string specifying the species. Possible values are "Dm", "Hs", "Mm" or "Rn".
字符串指定的物种。可能的值是"Dm"，"Hs"，"Mm"或"Rn"。


参数：expand.symbols
logical, should those elements of alias which are already official symbols be expanded if they are aliases for other symbols.
逻辑，这些元素应该alias已经扩大官方符号，如果他们是其他符号的别名。


Details

详情----------Details----------

Aliases are mapped via NCBI Entrez Gene identity numbers using Bioconductor organism packages. Species are "Dm" for fly, "Hs" for human, "Mm" for mouse and "Rn" for rat. The user needs to have the appropriate Bioconductor organism package installed.
通过NCBI的Entrez基因标识的使用Bioconductor有机体包映射别名。物种"Dm"飞"Hs"人力，"Mm""Rn"老鼠鼠标和。用户需要安装有相应的Bioconductor有机体包。

alias2Symbol maps a set of aliases to a set of symbols, without necessarily preserving order. The output vector may be longer or shorter than the original vector, because some aliases might not be found and some aliases may map to more than one symbol. alias2SymbolTable maps each alias to a gene symbol and returns a table with one row for each alias. If an alias maps to more than one symbol, then the first one found will be returned.
alias2Symbol一组的别名映射到一组符号，而不必维持治安。输出向量可能是长或短比原来的向量，因为一些别名可能不会被发现，一些别名映射到多个符号。 alias2SymbolTable每个别名映射到一个基因符号，并与每个别名一行返回表。如果一个别名映射到多个符号，然后找到的第一个将被退回。


值----------Value----------

Character vector of gene symbols.
基因符号特征向量。

alias2SymbolTable returns a vector of the same length and order as alias, including NA values where no gene symbol was found. alias2Symbol returns an unordered vector which may be longer or shorter than alias.
alias2SymbolTablealias相同的长度和秩序，包括NA没有被发现的基因符号值返回一个向量。 alias2Symbol返回一个无序的向量可能是长或短比alias。


作者（S）----------Author(s)----------


Gordon Smyth and Yifang Hu



参见----------See Also----------

This function is often used to assist gene set testing, see 08.Tests.
此功能通常用于协助基因组测试，看到08.Tests。


举例----------Examples----------


if(require("org.Hs.eg.db")) alias2Symbol(c("PUMA","NOXA","BIM"))

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