avedups(limma)
avedups()所属R语言包:limma
Average Over Duplicate Spots
平均重复景点
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Condense a microarray data object so that values for within-array replicate spots are replaced with their average.
凝聚一个芯片的数据对象,阵内复制点的值,使他们的平均取代。
用法----------Usage----------
## Default S3 method:[默认方法]
avedups(x, ndups=2, spacing=1, weights=NULL)
## S3 method for class 'MAList'
avedups(x, ndups=x$printer$ndups, spacing=x$printer$spacing, weights=x$weights)
## S3 method for class 'EList'
avedups(x, ndups=x$printer$ndups, spacing=x$printer$spacing, weights=x$weights)
参数----------Arguments----------
参数:x
a matrix-like object, usually a matrix, MAList or EList object.
一个矩阵类的对象,通常是一个矩阵,MAList或EList对象。
参数:ndups
number of within-array replicates for each probe.
阵内每个探针复制。
参数:spacing
number of spots to step from a probe to its duplicate.
数点,以加强从探针的重复。
参数:weights
numeric matrix of spot weights.
现货重量的数字矩阵。
Details
详情----------Details----------
A new data object is computed in which each probe is represented by the (weighted) average of its duplicate spots. For an MAList object, the components M and A are both averaged in this way. For an EList object, the component E is averaged in this way.
一个新的数据对象,其中每个探针重复点(加权)平均计算。 MAList对象,组件M和A都在这样的平均。 EList对象,组件E平均在这种方式。
If x is of mode "character", then the duplicate values are assumed to be equal and the first is taken as the average.
x如果模式"character",然后重复值被认为是平等的,首先是采取平均。
值----------Value----------
A data object of the same class as x with 1/ndups as many rows.
同一类的数据对象x1/ndups许多行。“
作者(S)----------Author(s)----------
Gordon Smyth
参见----------See Also----------
avereps.
avereps。
02.Classes gives an overview of data classes used in LIMMA.
02.Classes给在LIMMA使用的数据类的概述。
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