R语言 limma包 avereps()函数中文帮助文档(中英文对照)

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avereps(limma)
avereps()所属R语言包：limma

                                        Average Over Irregular Replicate Probes
                                         平均不规则复制探针

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Condense a microarray data object so that values for within-array replicate probes are replaced with their average.
凝结一个芯片的数据对象，使阵内复制探针值与它们的平均取代。


用法----------Usage----------


## Default S3 method:[默认方法]
avereps(x, ID=rownames(x))
## S3 method for class 'MAList'
avereps(x, ID=NULL)
## S3 method for class 'EList'
avereps(x, ID=NULL)



参数----------Arguments----------

参数：x
a matrix-like object, usually a matrix, MAList or EList object.
一个矩阵类的对象，通常是一个矩阵，MAList或EList对象。


参数：ID
probe identifier.
探针标识。


Details

详情----------Details----------

A new data object is computed in which each probe ID is represented by the average of its replicate spots or features.
在每个探针ID代表其复制点或功能的平均计算一个新的数据对象。

For an MAList object, the components M and A are both averaged in this way, as are weights and any matrices found in object$other. For an MAList object, ID defaults to MA$genes$ID is that exists, otherwise to rownames(MA$M).
MAList对象，组件M和A都平均在这种方式，是weights和任何矩阵object$other发现。对于MAList对象，ID默认MA$genes$ID是存在的，否则rownames(MA$M)。

EList objects are similar, except that the E component is averaged instead of M and A.
EList对象是类似除E组件的平均值，而不是M和A，。

If x is of mode "character", then the replicate values are assumed to be equal and the first is taken as the average.
x如果模式"character"，然后复制值被认为是平等的，首先是采取平均。


值----------Value----------

A data object of the same class as x with a row for each unique value of ID.
同一类的数据对象x一排每个ID的独特价值。


作者（S）----------Author(s)----------


Gordon Smyth



参见----------See Also----------

avedups, avearrays. Also rowsum in the base package.
avedups，avearrays。 rowsum基本包。

02.Classes gives an overview of data classes used in LIMMA.
02.Classes给在LIMMA使用的数据类的概述。


举例----------Examples----------


x <- matrix(rnorm(8*3),8,3)
colnames(x) <- c("S1","S2","S3")
rownames(x) <- c("b","a","a","c","c","b","b","b")
avereps(x)

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