R语言 SpeCond包 getGeneHtmlPage()函数中文帮助文档(中英文对照)

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getGeneHtmlPage(SpeCond)
getGeneHtmlPage()所属R语言包：SpeCond

                                         Visualise for each gene the condition-specific detection result from SpeCond
                                         每个基因Visualise，从SpeCond特定条件的检测结果

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

getGeneHtmlPage generates html results pages for a set of genes as well as an index page. The index allows to navigate between the gene result pages.
getGeneHtmlPage生成一组基因的HTML结果页以及一个索引页。该指数允许的基因结果页之间导航。


用法----------Usage----------


getGeneHtmlPage(expressionMatrix, specificResult,
name.index.html = "index.html", prefix.file = NULL,
outdir="Single_result_pages", gene.html = NULL,
gene.html.ids = c(1:10))



参数----------Arguments----------

参数：expressionMatrix
the matrix of expression values initially used
最初用来表达矩阵值


参数：specificResult
the sp_list class object result of the getSpecificProbeset function
sp_listgetSpecificProbeset函数的类对象的结果


参数：name.index.html
the name of the html index, by default is index.html
HTML索引的名称，默认是index.html


参数：prefix.file
a prefix added to the generated file(s) and outdir directory name to linked to the index file. The default is NULL, the prefix.file  attribute of specificResult  is used   
前缀添加到生成的文件（S）outdir目录名与索引文件。默认值为NULL，prefix.file属性specificResult使用


参数：outdir
the name of the directory in which the generated files will be created. The default is "Single_result_pages"
将创建的目录中生成的文件的名称。默认“Single_result_pages”


参数：gene.html
a vector of gene names for which you want to create html pages, same as the row names of the expressionMatrix object. The default is NULL (the values of the gene.html.ids argument will be used)
你要创建HTML页面，该行的expressionMatrix对象名称相同的名称为基因向量。默认值为NULL（的gene.html.ids参数值将用于）


参数：gene.html.ids
a vector of  integer corresponding to the row numbers in the expressionMatrix object of the genes for which you want to create html pages. The default is the 10 first rows (or the number of row of the expressionMatrix if inferior to 10)
的基因，为您要创建的HTML页面的expressionMatrix对象的行号对应的整数向量。默认为10第一行（或数行的expressionMatrix如果逊于至10）


Details

详情----------Details----------

The main file name.index.html is created in the current directory. The result page(s) to which it points are created in the outdir directory. If both gene.html and gene.html.ids are set to NULL, the gene html pages for every gene in the expressionMatrix object will be generated  It is useful to change the prefix when you create a new index as well as changing the name.index.html value. As you may want to get index with the same genes but different parameters set and plots so using a different specificResult object. It is possible to use gene.html or gene.html.ids to select a list of gene.
在当前目录中创建主文件name.index.html。结果页（S），它指向创建outdir目录。如果这两个gene.html和gene.html.ids设置为NULL，基因的HTML页面为每一个基因在expressionMatrix对象更改前缀，当你创建一个新的指数，以及改变它是非常有用的，将产生name.index.html值。正如您可能希望获得与指数相同的基因，但不同的参数设置和图所以使用不同specificResult对象。它是可以使用gene.html或gene.html.ids选择一个基因的列表。


作者（S）----------Author(s)----------


Florence Cavalli, florence@ebi.ac.uk



参见----------See Also----------

getFullHtmlSpeCondResult
getFullHtmlSpeCondResult


举例----------Examples----------


library(SpeCond)
data(expressionSpeCondExample)
##Perform the condition specific detection analysis with SpeCond()[＃执行的具体检测分析与SpeCond条件（）]
generalResult=SpeCond(expressionSpeCondExample, param.detection=NULL,
multitest.correction.method="BY", prefix.file="E", print.hist.pv=TRUE, fit1=NULL,
fit2=NULL, specificOutlierStep1=NULL)
specificResult=generalResult$specificResult
##Produce the Gene html page results for the first 20 genes using the specificResult [＃生产第一20使用的specificResult基因的基因html页面结果]
##object[＃对象]
genePageInfo=getGeneHtmlPage(expressionSpeCondExample, specificResult,
name.index.html="index_example_SpeCond_Results.html", outdir=
"Single_result_pages_dir", gene.html.ids=c(1:20))

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