R语言 rioja包 chclust()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

chclust(rioja)
chclust()所属R语言包：rioja

                                        Constrained hierarchical clustering
                                         约束层次聚类

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Constrained hierarchical clustering.
约束的层次聚类。


用法----------Usage----------


chclust(d, method = "coniss")

## S3 method for class 'chclust'
plot(x, labels = NULL, hang = 0.1, axes = TRUE,
      xvar=1length(x$height)+1), xlim=NULL, ylim=NULL,
      x.rev = FALSE, y.rev=FALSE, horiz=FALSE, ...)

## S3 method for class 'chclust'
bstick(n, ng=10, plot=TRUE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：d
a dissimilarity structure as produced, for example, by dist or vegdist.  
一个相异的结构，例如，dist或vegdist中。


参数：method
the agglomeration method to be used. This should be (an unambiguous abbreviation of) either "coniss" or "conslink".  
要使用的附聚方法。这应该是（一个明确的缩写），要么是“coniss”或“conslink”。


参数：x, n
a constrained cluster object of class chclust produced by chclust.  
约束聚类对象的类chclust的chclust生产。


参数：xvar
numeric vector containing x-coordinates for the leaves of the dendrogram (see details below).  
数字向量的x坐标为叶的树状图（详见下文）。


参数：x.rev,y.rev
logical flags to reverse the x- or y-axis (and dendrogram labels). Defaults to FALSE.  
逻辑标志来扭转x-或y-轴（和树状图的标签）。默认为FALSE的。


参数：horiz
logical indicating if the dendrogram should be drawn horizontally or not. Note that y-axis still refers to the dendrogram height even after rotating.  
逻辑，如果树状图应绘制水平或。请注意，y轴是指树状图的高度，甚至在旋转。


参数：xlim, ylim
optional x- and y-limits of the plot, passed to the underlying plto function. The defaults for these show the full dendrogram.  
可选的x和y的图的限制，传递给的基础plto功能。用默认的显示完整的树状图。


参数：labels, hang, axes
further arguments as in hclust.  
进一步的论据，在hclust。


参数：ng
number of groups to display.  
显示的组数。


参数：plot
logical to plot a broken stick model. Defaults to TRUE.  
逻辑绘制碎棒模型。默认为TRUE的。


参数：...
further graphical arguments. Use cex to change the text size of the x-axis labels, and cex.axis to change size of the y-axis values.  
进一步的图形参数。使用cex来改变文字大小的X轴标签，和cex.axis改变的y轴值的大小。


Details

详细信息----------Details----------

chclust performs a constrained hierarchical clustering of a distance matrix, with clusters constrained by sample order.  Returns an object of class chclust which can be plotted and interrogated.  See Grimm (1987), Gordon & Birks (1972) and Birks & Gordon (1985) for discusssiom of the coniss and conslink algorithms. The resulting dendrogram can be plotted with plot.  This is an extension of plclust that allows the dendrogram to be plotted horizontally or vertically (default). plot also accepts a numeric vector coordinates for x-axis positions of the leaves of the dendrogram.  These could, for example, be the stratigraphic depths of core samples or geographic distances along a line transect.
chclust执行约束的层次聚类的距离矩阵，与聚类的制约看样订货。返回一个对象的类chclust可以绘制和审问。格林（1987），戈登 - 伯克斯（1972）和伯克斯和戈登（1985）为discusssiom的coniss和conslink算法。由此产生的聚类分析，可以绘制与plot。这是一个扩展的plclust“”，允许，树状图要绘制水平或垂直（默认情况下）。 plot还接受一个数值向量叶子的树状图的x轴位置的坐标。这可能，例如，在地层深处的岩芯样品或GEO上的距离，沿样线。

bstick.chclust compares the dispersion of a hierarchical classification to that obtained from a broken stick model and displays the results graphically.  See Bennett (1996) for details. bstick is a generic function and the default method is defined in package vegan. If this package is loaded the function may be called using bstick, otherwise use bstick.chclust.
bstick.chclust比较分散的层次分类，来自一个破碎的粘模和的图形化的显示结果。的详细信息，请参阅本内特（1996）。 bstick是一个通用的功能和默认的方法是定义在包vegan。如果这个包被加载的功能可以被称为bstick，否则使用bstick.chclust。


值----------Value----------

Function chclust returns an object of class chclust, derived from hclust.
功能chclust返回一个对象类chclust，来自hclust。


（作者）----------Author(s)----------



Steve Juggins




参考文献----------References----------






参见----------See Also----------

hclust, plclust, cutree, dendrogram, bstick.
hclust，plclust，cutree，dendrogram，bstick。


实例----------Examples----------


data(RLGH)
diss <- dist(sqrt(RLGH$spec/100))
clust <- chclust(diss)
bstick(clust, 10)
# Basic diagram[基本图]
plot(clust, hang=-1)
# Rotated through 90 degrees[转动了90度]
plot(clust, hang=-1, horiz=TRUE)
# Rotated and observations plotted according to sample depth.[绘制旋转和观察，根据采样深度。]
plot(clust, xvar=RLGH$depth$Depth, hang=-1, horiz=TRUE, x.rev=TRUE)

# Conslink for comparison[Conslink进行比较]
clust <- chclust(diss, method = "conslink")
plot(clust, hang=-1)

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。