R语言 trio包 allelicTDT()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

allelicTDT(trio)
allelicTDT()所属R语言包：trio

                                         Allelic TDT
                                         等位基因TDT

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Performs the allelic Transmission/Disequilibrium Test for each SNP contained in a genotype matrix.
执行为每个SNP等位基因的传递/不平衡检验中所含的基因型矩阵。


用法----------Usage----------


allelicTDT(mat.snp, size = 50, correct = FALSE)

## S3 method for class 'aTDT'
print(x, top = 5, digits = 4, ...)



参数----------Arguments----------

参数：mat.snp
a numeric matrix in which each column represents a SNP. Each column must be a numeric vector of length 3 * t representing a SNP genotyped at t trios. Each of the t blocks must consist of the genotypes of father, mother, and offspring (in this order). The genotypes must be coded by 0, 1, and 2. Missing values are allowed and need to be coded by NA. This matrix might be generated from a ped-file by, e.g., employing ped2geno.  
一个数字矩阵，其中每一列代表一个SNP。每列必须是一个数值向量的长度3 * t较SNP基因分型t三重奏。 t块必须由基因型的父亲，母亲和后代（按照这个顺序）。必须被编码的基因型，0，1，和2。遗漏值是允许的，需要进行编码NA。这个矩阵可能会产生的一个PED文件，例如，采用ped2geno。


参数：size
the number of SNPs considered simultaneously when computing the parameter estimates.  
数个SNP位点同时考虑时，计算参数估计值。


参数：correct
should the test statistic be continuity corrected? If FALSE, (b-c)^2 / (b+d) will be used as test statistic, where b and c are the off-diagonal elements of the 2x2-table summarizing the transmitted and not transmitted alleles from the heterozygous parents. If TRUE, (|b-c| - 1)^2 / (b+d) will be used as test statistic.
检验统计量应该是连续的校正？如果FALSE，(b-c)^2 / (b+d)将作为检验统计量，其中b和c的非对角线元素的2×2表总结了发送和传播的等位基因杂合子父母。如果TRUE，(|b-c| - 1)^2 / (b+d)将作为检验统计量。


参数：x
an object of class aTDT, i.e. the output of allelicTDT.  
类的一个对象aTDT，即输出的allelicTDT。


参数：digits
number of digits that should be printed.
应打印的数字。


参数：top
number of interactions that should be printed. If top is less than or equal to zero, set to NA, or larger than the number of SNPs, then the statistics for all SNPs are printed in the order as they were in the genotype matrix used as input into colTDT. Otherwise, the top interactions with the smallest p-values are printed.  
应该打印的交互数。如果top是小于或等于0时，设置为NA，或大于的SNP位点的数目，然后可用于所有的SNPs的统计信息的顺序打印在用作基因型矩阵的，因为他们是输入到colTDT。否则，top与最小的p-值的相互作用被打印出来。


参数：...
ignored.
忽略不计。


值----------Value----------

An object of class aTDT containing the following numeric vectors:
类的一个对象aTDT包含下列数值向量：


参数：stat
values of the test statistic of the allelic TDT,
等位基因的TDT的检验统计量的值，


参数：pval
the corresponding p-values.
相应的p-值。


（作者）----------Author(s)----------



Holger Schwender, <a href="mailto:holger.schwender@udo.edu">holger.schwender@udo.edu</a>




参考文献----------References----------

The Insulin Gene Region and Insulin-Dependent Diabetes Mellitus (IDDM). American Journal of Human Genetics, 52, 506-516.

参见----------See Also----------

colTDT
colTDT

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