colTDTmaxTest(trio)
colTDTmaxTest()所属R语言包：trio
Maximum Genotypic TDT
最大的基因型TDT
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Computes the maximum over the gTDT statistics for an additive, dominant, and recessive model. colTDTmaxTest additionally computes permutation-based p-values.
计算的最大添加剂gTDT统计，占主导地位，显性和隐性模型。 colTDTmaxTest另外计算置换为基础的p-值。
用法----------Usage----------
colTDTmaxTest(geno, perm = 10000, size = 50, chunk = 10000,
minimum = 0.001, verbose = FALSE)
colTDTmaxStat(geno, size = 50)
## S3 method for class 'maxTestTrio'
print(x, top = 5, digits = 4, ...)
## S3 method for class 'maxStatTrio'
print(x, top = 5, digits = 4, ...)
参数----------Arguments----------
参数：geno
a numeric matrix in which each column represents a SNP. Each column must be a numeric vector of length 3 * t representing a SNP genotyped at t trios. Each of the t blocks must consist of the genotypes of father, mother, and offspring (in this order). The genotypes must be coded by 0, 1, and 2. Missing values are allowed and need to be coded by NA. This matrix might be generated from a ped-file by, e.g., employing ped2geno.
一个数字矩阵，其中每一列代表一个SNP。每列必须是一个数值向量的长度3 * t较SNP基因分型t三重奏。 t块必须由基因型的父亲，母亲和后代（按照这个顺序）。必须被编码的基因型，0，1，和2。遗漏值是允许的，需要进行编码NA。这个矩阵可能会产生的一个PED文件，例如，采用ped2geno。
参数：perm
number of permutations of the response for which the permuted values of the test statistic should be computed.
置换后的检验统计量的值的响应应计算的排列数。
参数：size
number of SNPs that should be considered simultaneously when estimating the parameter.
同时估计的参数时，应考虑的SNP位点数目。
参数：chunk
number of permutations that should be considered simultaneously in the computation of the p-values
同时，应考虑在计算p-值的排列数
参数：minimum
minimum value that a test statistic must show that for the corresponding SNP the p-value is computed.
最小的检验统计量的值，该值必须表明相应的SNP的p-值计算。
参数：verbose
logical indicating whether some information on what is currently computed should be printed.
逻辑指示是否应印有一些信息什么是目前计算。
参数：x
an object of class maxTestTrio or maxTestStat, i.e. the output of colTDTmaxTest or of colTDTmaxStat.
类的一个对象maxTestTrio或maxTestStat，即输出colTDTmaxTest或colTDTmaxStat。
参数：digits
number of digits that should be printed.
应打印的数字。
参数：top
number of interactions that should be printed. If the number of interactions is smaller than or equal to top, then the statistics for all interactions are printed in the order of their computation. Otherwise, they the top Top interactions are printed.
应该打印的交互数。如果交互的数目小于或等于top，然后可用于所有相互作用的统计信息被印在它们的计算的顺序。否则，他们的top顶部的相互作用被打印出来。
参数：...
ignored.
忽略不计。
值----------Value----------
For colTDTmaxStat, an object of class maxStatTrio consisting of a vector stat containing the values of the Max statistic for the SNPs in geno, a matrix max.stat containing the values of the gTDT statistic for testing an additive, a dominant, and a recessive effect, and additional information required by colTDTmaxTest.
colTDTmaxStat，对象类maxStatTrio组成的向量stat包含的单核苷酸多态性在geno，矩阵max.stat包含的值的最大统计用于测试的添加剂的gTDT统计，显性和隐性的效果，所需的附加信息由colTDTmaxTest的值。
For colTDTmaxTest, an object of class maxTestTrio consisting of stat, max.stat, and the unadjusted p-values pval corresponding to stat.
对于colTDTmaxTest，类的一个对象maxTestTrio组成的stat，max.stat，和未经调整的p-值pval对应stat的。
（作者）----------Author(s)----------
Holger Schwender, <a href="mailto:holger.schwender@udo.edu">holger.schwender@udo.edu</a>
参考文献----------References----------
Rapid Testing of SNPs and Gene-Environment Interactions in Case-Parent Trio Data Based on Exact Analytic Parameter Estimation. Biometrics. DOI: 10.1111/j.1541-0420.2011.01713.x.
参见----------See Also----------
tdt
tdt
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发表于 2012-10-1 12:05:22
