findLDblocks(trio)
findLDblocks()所属R语言包：trio
Identifying LD blocks
确定LD块
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Finds LD blocks using the procedure proposed by Gabriel et al. (2002).
查找LD块加布里埃尔等人提出的使用过程。 （2002年）。
用法----------Usage----------
findLDblocks(x, alpha = 0.1, ciLD = c(0.7, 0.98), cuRecomb = 0.9,
ratio = 9, alsoOthers = FALSE, parentsOnly = FALSE, iter = 50,
snp.in.col = TRUE)
splitBlocks(blocks)
参数----------Arguments----------
参数：x
either the output of getLD or getLDlarge, respectively, or a numeric matrix consisting of the integers 0, 1, and 2, where these integers are assumed to be the number of minor alleles that the respective SNPs shows at the respective subject. Missing values are allowed. By default, each column of this matrix represents a SNP, and each row a subject (for details, see snp.in.col). The SNPs must be ordered by their position on the considered chromosome.
要么getLD或getLDlarge，分别，或一个数字矩阵组成的整数0，1和2，这些整数被假定为次要等位基因的数量的各单核苷酸多态性显示输出在各自的主题。遗漏值是允许的。默认情况下，这个矩阵的每一列代表一个SNP，每行一个主体（有关详细信息，请参阅snp.in.col）。必须下令自己的立场上考虑染色体的单核苷酸多态性。
参数：alpha
numeric value between 0 and 1. For each pair of SNPs, a two-sided 100 * (1 - alpha)% confidence interval of D' is computed, and used to specify pairs of SNPs that are either in strong LD, or show historical evidence of recombination (see ciLD and cuRecomb). All SNP pairs not falling into these two categories are specified as 'Others'.
0和1之间的数值。对于每个SNP位点，对一个双面100 *（1 - alphaD）％的置信区间的计算，用于指定对单核苷酸多态性是在强烈的LD，或重组的历史证据（见ciLD和cuRecomb“）。所有SNP对不属于这两类被指定为“其他”。
参数：ciLD
numeric vector consisting of two values between 0 and 1. If the lower bound of the confidence interval of D' for a SNP pair is larger than or equal to the first value in ciLD and the upper bound is larger than or equal to the second value, then this pair of SNP is considered to be in strong LD.
数值向量组成的两个值0和1之间。如果D表示的SNP对的置信区间的下限的第一个值大于或等于ciLD和上限是大于或等于所述第二值，那么这对SNP是被认为是在强烈的LD。
参数：cuRecomb
numeric value between 0 and 1. If the upper bound of the confidence interval of D' for a SNP pair is smaller than cuRecomb, then this pair of SNP is considered to show evidence of recombination.
0和1之间的数值。如果上限的D的置信区间为SNP对小于cuRecomb，那么这对SNP被认为是证明重组。
参数：ratio
numeric value larger than 1. If in a block of SNPs, the ratio of the number of SNP pairs being in strong LD to the number of SNPs showing evidence of recombination is larger than or equal to ratio, then this block will be identified as an LD-block. (Note that Gabriel et al. (2002) use ratio = 19 instead of ratio = 9.) Overlapping blocks are avoided by employing the approach described in Wall and Pritchard (2003).
大于1的数值。如果在一个块中的单核苷酸多态性，SNP对示出的重组的证据的SNPs的数目是在强LD的数目的比率是大于或等于ratio，则该块将被识别为一个LD-阻止。 （请注意，加布里埃尔等人（2002）使用ratio = 19，而不是ratio= 9）。重叠的块，避免在华尔街和Pritchard（2003）描述的方法。
参数：alsoOthers
logical value. Following the description of Wall and Pritchard (2003) the endmarkers of a LD block must be in strong LD. By default (i.e.\ if alsoOthers = FALSE), this condition is used. If alsoOthers = TRUE, the endmarkers can also be categorized as 'Others'.
逻辑值。墙和Pritchard（2003）的描述的endmarkers的LD块必须在强大的LD。默认情况下（即\如果alsoOthers = FALSE），这种情况下使用。如果alsoOthers = TRUE，endmarkers也被归类为“其他”。
参数：parentsOnly
logical indicating whether only the genotypes of the parents, i.e.\ rows 1, 2, 4, 5, ... of x, should be used in the computation of the LD measures when x is in genotype format and contains case-parent trio data (see ped2geno and read.pedfile). If FALSE (default), all rows are used in the determination of the pairwise LD measure. Ignored if x is the output of getLD or getLDlarge.
逻辑指示是否只有父母的基因型，即\行1，2，4，5，... x，应使用计算的LD措施，当x是在基因型格式，包含情况下母公司三人数据（见ped2geno和read.pedfile）。如果FALSE（默认），所有的行都被使用的在成对LD措施的决心。如果x的输出getLD或getLDlarge的忽略。
参数：iter
integer specifying the number of iterations used in the computation of D (for details, see getLD). Ignored if x is the output of getLD.
整数，指定D的计算中所用的迭代（有关详细信息，请参阅getLD“）。如果忽略x的输出getLD。
参数：snp.in.col
logical specifying whether each column of x represents a SNP (and each row a subject). If FALSE, each row represents a SNP (and each column a subject). Ignored if x is the output of getLD or getLDlarge.
逻辑指定是否每一列x代表的SNP（每行一个主题）的。如果FALSE，每一行代表一个SNP（每列一个主题）。如果x的输出getLD或getLDlarge的忽略。
参数：blocks
output of findLDblocks. See Details.
输出的findLDblocks。查看详细信息。
Details
详细信息----------Details----------
The LD-blocks are estimated using the method of Gabriel et al. (2002) as described in Wall and Pritchard (2003), where we use the approximate variance estimates of D' proposed by Zabaleta et al. (1997).
估计使用的方法加布里埃尔等的LD块。 （2002年）中描述的墙和Pritchard（2003年），在这里我们使用方差近似估计D萨巴莱塔等人提出的。 （1997年）。
Since in trio.prepare the LD blocks are restricted to a maximum of 7 SNPs, splitBlocks can be used to split LD blocks composed of more than 7 SNPs into smaller blocks, if the output of findLDblocks should be used in trio.prepare to prepare a matrix for a trioLR or trioFS analysis.
由于trio.prepare的LD块被限制在最多7个SNPs，splitBlocks可以用来分割成更小的块超过7个SNP位点组成的LD块，如果输出findLDblocks中应使用trio.prepare准备一个trioLR或trioFS分析的矩阵。
值----------Value----------
An object of class LDblocks consisting of
类的一个对象LDblocks组成的
参数：<code>ld</code>
the output of getLD,
的输出作为getLD，
参数：<code>blocks</code>
a vector specifying which SNP belongs to which LD-block,
一个向量确定SNP属于LD块，
参数：<code>vec.blocks</code>
a list in which each entry contains the names of the SNPs belonging to a specific LD-block,
的列表，其中每个条目包含的SNPs的名称，属于一个特定的LD块，
参数：<code>param</code>
a list of the input parameters.
的输入参数的列表。
（作者）----------Author(s)----------
Holger Schwender, <a href="mailto:holger.schwender@udo.edu">holger.schwender@udo.edu</a>
参考文献----------References----------
American Journal of Human Genetics, 73, 502-515.
Disequilibrium D'. American Journal of Human Genetics, 61, 771-774.
参见----------See Also----------
plot.LDblocks, getLD
plot.LDblocks，getLD
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发表于 2012-10-1 12:05:34
