R语言 trio包 getLD()函数中文帮助文档(中英文对照)

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getLD(trio)
getLD()所属R语言包：trio

                                         Computation of LD Measures
                                         计算LD措施

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

While getLD computes the value of D' and r^2 for each pair of SNPs in a matrix, getLDlarge determines D' and r^2 between each SNP and a user-specified number of SNPs closest to the SNP on the corresponding chromosome. Thus, getLDlarge can be applied to much more SNPs than getLD.
而getLD计算值D，R ^ 2为每对矩阵中的SNP位点，getLDlargeD，R ^ 2之间决定每个SNP和用户指定的数量最接近的单核苷酸多态性相应的染色体上的SNP。因此，getLDlarge可以施加比getLD得多的单核苷酸多态性。


用法----------Usage----------


  getLD(x, which = c("both", "rSquare", "Dprime"), parentsOnly = FALSE,
     iter = 50, snp.in.col = TRUE, asMatrix = FALSE, addVarN = FALSE)
     
  getLDlarge(x, neighbors=25, which=c("both", "rSquare", "Dprime"),
        parentsOnly=FALSE, iter=50, snp.in.col=TRUE, addVarN=FALSE)     



参数----------Arguments----------

参数：x
a numeric matrix consisting of 0, 1, and 2, where it is assumed that the values represent the numbers of minor alleles that the SNPs show. Missing values are allowed. By default, each column represents a SNP and each row a subject. This can be changed by setting snp.in.col = FALSE. It is assumed that the SNPs are ordered by their position on the considered chromosome.  
一个数值的矩阵组成的0，1，和2，其中，假设该值表示的SNPs显示的次要等位基因的数目。遗漏值是允许的。默认情况下，每一列代表一个SNP，每行一个主题。通过设置snp.in.col = FALSE，这是可以改变的。据推测，是按自己的立场上考虑染色体的单核苷酸多态性。


参数：neighbors
positive integer specifying the number of neighbors of a SNP (in both directions) on a chromosome for which D' or r^2 should be computed. Thus, for each SNP (except for the SNPs in the first and last neighbors columns of x), 2 * neighbors r^2 or D' values are computed.  
在染色体上的D，R ^ 2应计算正整数，指定数量的SNP的邻居（在两个方向）。因此，对于每个SNP（除外的单核苷酸多态性中的第一个和最后一个的neighborsx），2 *neighborsR ^ 2或D值的计算的列。


参数：which
which LD measures should be computed? Either "rSquare", or "Dprime", or the values of "both" measures are computed. The latter is the default.  
LD措施应计算的？是"rSquare"或"Dprime"，"both"措施或值计算。后者是默认的。


参数：parentsOnly
logical indicating whether only the genotypes of the parents, i.e.\ rows 1, 2, 4, 5, ... of x, should be used in the computation of the LD measures when x is in genotype format and contains case-parent trio data (see ped2geno and read.pedfile). If FALSE (default), all rows are used in the determination of the pairwise LD measure.   
逻辑指示是否只有父母的基因型，即\行1，2，4，5，... x，应使用计算的LD措施，当x是在基因型格式，包含情况下母公司三人数据（见ped2geno和read.pedfile）。如果FALSE（默认），所有的行都被使用的在成对LD措施的决心。


参数：iter
integer specifying how many iterations are used in the procedure of Hill (1974) which is used to estimate D.  
整数，指定多少次迭代中使用的步骤，希尔（1974年），它被用来估计D。


参数：snp.in.col
logical indicating whether each column of x represents a SNP (and each row a subject). If FALSE, each row represents a SNP (and each column a subject).  
逻辑指示是否每列x代表的SNP（每行一个主题）。如果FALSE，每一行代表一个SNP（每列一个主题）。


参数：asMatrix
logical indicating whether the LD values are returned as a m x m matrix, where m is the number of SNPs. If FALSE, the LD values are returned as a vector of length m * (m - 1) / 2.  
逻辑LD值指示是否返回的一个mXm矩阵，其中m是单核苷酸多态性。如果FALSE，LD值作为一个向量的长度m * (m - 1) / 2返回。


参数：addVarN
logical indicating whether for each pair of SNPs the number of non-missing values and the variance estimates of D' proposed by Zabaleta et al. (1997) should be added to the output. The variance estimates are required for the identification of LD-blocks with findLDblocks.  
逻辑指示是否为每个对非缺失值的SNPs的数目和方差估计D提出由萨巴尼塔等。 （1997）应该被添加到输出。的方差估计所需要的LD块的识别与findLDblocks。


值----------Value----------

An object of class getLD or getLDlarge consisting (depending of the specification of which) the D' (Dprime) or r^2 (rSquare) values for each SNP pair, and (depending of the specification of addVarN) the variance estimates for D' (varDprime) and the numbers of non-missing values (n). Furthermore, the names of the SNPs (rn) will be added (in getLD, if asMatrix = FALSE).
类的一个对象getLD或getLDlarge组成（取决于which）D（Dprime）或R ^ 2（rSquare）值的规范每个SNP对，（根据规范addVarN）的方差估计D（varDprime）和非缺失值的数字（n）。此外，名称的单核苷酸多态性（rn）将被添加（getLD，如果asMatrix = FALSE）。


（作者）----------Author(s)----------



Holger Schwender, <a href="mailto:holger.schwender@udo.edu">holger.schwender@udo.edu</a>




参考文献----------References----------

Heredity, 33, 229-239.
Disequilibrium D'. American Journal of Human Genetics, 61, 771-774.

参见----------See Also----------

plot.getLD, findLDblocks
plot.getLD，findLDblocks

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