R语言 GeneticsPed包 relationshipAdditive()函数中文帮助文档(中英文对照)

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relationshipAdditive(GeneticsPed)
relationshipAdditive()所属R语言包：GeneticsPed

                                        Additive relationship matrix and its inverse
                                         添加剂关系矩阵及其逆

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

relationshipAdditive creates additive relationship matrix, while inverseAdditive creates its inverse directly from a pedigree. kinship is another definition of relationship and is equal to half of additive relationship.
relationshipAdditive创建添加剂的关系矩阵，而inverseAdditive从家谱创建它的逆。 kinship是另一个关系的定义，是平等的关系添加剂的一半。


用法----------Usage----------



relationshipAdditive(x, sort=TRUE, names=TRUE, ...)
inverseAdditive(x, sort=TRUE, names=TRUE, ...)
kinship(x, sort=TRUE, names=TRUE, ...)




参数----------Arguments----------

参数：x
Pedigree
系谱


参数：sort
logical, for the computation the pedigree needs to be sorted, but results are sorted back to original sorting (sort=TRUE) or not (sort=FALSE)
计算逻辑，系谱需要进行排序，但结果进行排序回原来的排序（排序= TRUE），或不（排序为FALSE）


参数：names
logical, should returned matrix have row/colnames; this can be used to get leaner matrix
逻辑，应返回矩阵有行/ colnames;这可以用来得到精简的矩阵


参数：...
arguments for other methods
为其他方法的参数


Details

详情----------Details----------

Additive or numerator relationship matrix is symetric and contains 1 + F_i on diagonal, where F_i is an inbreeding coefficients (see inbreeding) for subject i. Off-diagonal elements represent numerator or relationship coefficient bewteen subjects i and j as defined by Wright (1922). Henderson (1976) showed a way to setup inverse of relationship matrix directly. Mrode (2005) has a very nice introduction to these concepts.
添加剂或分子的关系矩阵是对称的，并且包含1 + F_i对角，在那里F_i是近交系数（见inbreeding）受i。非对角线元素代表分子或关系系数董孝斌科目i和j赖特（1922）的定义。恒基（1976）显示方式设置直接关系矩阵的逆。 mrode（2005年）有一个非常好的介绍这些概念。

Take care with sort=FALSE, names=FALSE. It is your own responsibility to assure proper handling in this case.
sort=FALSE, names=FALSE采取照顾。这是你自己的责任，以保证在这种情况下，妥善处理。


值----------Value----------

A matrix of n * n dimension, where n is number of
n * n维的矩阵，其中n数


作者（S）----------Author(s)----------


Gregor Gorjanc and Dave A. Henderson



参考文献----------References----------

numerator relationship matrix used in prediction of breeding values. Biometrics 32(1):69-83
values. 2nd edition. CAB International. ISBN 0-85199-000-2 http://www.amazon.com/gp/product/0851990002
American Naturalist 56:330-338

参见----------See Also----------

Pedigree, inbreeding and
Pedigree，inbreeding“


举例----------Examples----------


  data(Mrode2.1)
  Mrode2.1$dtB <- as.Date(Mrode2.1$dtB)
  x2.1 <- Pedigree(x=Mrode2.1, subject="sub", ascendant=c("fat", "mot"),
                   ascendantSex=c("M", "F"), family="fam", sex="sex",
                   generation="gen", dtBirth="dtB")

  (A <- relationshipAdditive(x2.1))
  fractions(A)
  solve(A)
  inverseAdditive(x2.1)
  relationshipAdditive(x2.1[3:6, ])

  ## Compare the speed[＃比较的速度。]
  ped <- generatePedigree(nId=10, nGeneration=3, nFather=1, nMother=2)
  system.time(solve(relationshipAdditive(ped)))
  system.time(inverseAdditive(ped))

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