R语言 limma包 09.Diagnostics()函数中文帮助文档(中英文对照)

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09.Diagnostics(limma)
09.Diagnostics()所属R语言包：limma

                                        Diagnostics and Quality Assessment
                                         诊断和质量评估

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This page gives an overview of the LIMMA functions available for microarray quality assessment and diagnostic plots.
这页的LIMMA功能的芯片质量评估和诊断图给出了一个概述。

This package provides an anova method which is designed for assessing the quality of an array series or of a normalization method. It is not designed to assess differential expression of individual genes. anova uses utility functions bwss and bwss.matrix.
这个包提供了一个anova法阵系列或归一化方法的质量评估设计。它的目的不是评估差的单个基因的表达。 anova使用bwss和bwss.matrix实用功能。

The function arrayWeights estimates the empirical reliability of each array following a linear model fit.
功能arrayWeights估计线性模型的拟合每个阵列经验的可靠性。

Diagnostic plots can be produced by
诊断图可以产生

Produces a spatial picture of any spot-specific measure from an array image. If the log-ratios are plotted, then this produces an in-silico representation of the well known false-color TIFF image of an array.
产生任何具体措施，当场从一个数组中的形象空间图片。如果log比例绘制，那么这个产生众所周知的假色TIFF数组的形象在硅片的代表性。

Plots foreground versus background log-intensies for a two-color array.
图前景与背景log，intensies两色阵列。

MA-plots. One of the most useful plots of a two-color array. plotMA3by2 will write MA-plots to files, six plots to a page.
主图。两色阵列的最有用的图之一。 plotMA3by2写主图文件，6图页。

Produces a grid of MA-plots, one for each print-tip group on an array, together with the corresponding lowess curve.
生产的主图网格，每个打印头组阵列上，与相应的LOWESS曲线。

For an array, produces a scatter plot of log-ratios or log-intensities by print order.
对于数组，生成一个打印命令log或log强度比散点图。

Individual channel densities for one or more arrays.
一个或多个阵列的个别通道密度。

Multidimensional scaling plot for a set of arrays.
一套数组多维尺度图。

Sigma vs A plot.
西格玛与图。

plotPrintTipLoess uses utility functions gridr and gridc. plotDensities uses utility function RG.MA.
plotPrintTipLoess使用gridr和gridc实用功能。 plotDensities使用效用函数RG.MA。


作者（S）----------Author(s)----------


Gordon Smyth

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