R语言 secr包 secr.model.density()函数中文帮助文档(中英文对照)

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secr.model.density(secr)
secr.model.density()所属R语言包：secr

                                         Density Models
                                         密度模型

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

SECR can fit an inhomogeneous Poisson model to describe the distribution of animals.  This may be viewed as a surface of expected density across the study area.
SECR可以容纳非齐次泊松模型来描述动物的分布。这可以被看作是在研究区域内的表面的预期密度。

The log likelihood is evaluated in secr.fit by summing values at points on a "habitat mask".  Each point in a habitat mask represents a grid cell of potentially occupied habitat (their combined area may be almost any shape and may include disjunct patches).
评估secr.fit对数似然值点总结在栖息地的面具“。的栖息地掩码中的每一个点代表一个网格单元的潜在的被占领的栖息地（他们的总面积几乎任何形状，可以有间断的补丁）。

The density model may take one of two forms: a user-provided R function or a linear model on the link scale (see the link argument of secr.fit; the default link for density is "log"). User-provided functions are described in the accompanying vignette ../doc/secr-densitysurfaces.pdf. Here we focus on linear models.
密度模型可以采取以下两种形式之一：用户提供的R函数或链路上规模的线性模型（见link参数secr.fit;默认的链接密度的log“ ）。用户提供的函数中描述的附图暗角.. /文档/秘书服务-densitysurfaces.pdf。在这里，我们专注于线性模型。

The full design matrix for density (D) has one row for each point in the mask.  The design matrix has one column for the intercept (constant) term and one for each predictor. Predictors may be based on Cartesian coordinates (e.g. "x" for an east-west trend), a continuous habitat variable (e.g. vegetation cover) or a categorical (factor) habitat variable.  Predictors must be known for all points in the mask (non-habitat excluded).  The variables "x", "y", "x2", "y2", "xy", "session", "Session" and "g" are provided automatically.  Other covariates should be named columns in the "covariates" attribute of the habitat mask.
密度（D）的设计矩阵有一排掩码中的每一个点。设计矩阵有一列的截距（常数）项和每一个预测。可根据直角坐标系（例如，X为东西走向的趋势），一个连续的栖息地变量（例如植被覆盖）或一个明确的栖息地变量（因子）的预测。必须是已知的掩码中的所有点（不包括非栖息地）的预测。自动提供的变量X，Y，X2，Y2，XY，“会话”，“会话”和“g”。其他变量应该被命名为“协变量的属性的栖息地屏蔽列。

The submodel for density (D) is a named component of the list used in the model argument of secr.fit.  It is expressed in R formula notation by appending terms to \~.
子模型的密度（D）是被命名的组件用于在model参数secr.fit列表。它表示在R公式符号通过附加条款\~。

Density surfaces resulting from the fitting of SECR models are manipulated in secr as objects of class "Dsurface". See the vignette ../doc/secr-densitysurfaces.pdf for details and examples, including functions for prediction and plotting.
密度表面产生SECR模型的拟合操纵secr为对象的类的Dsurface“。的小插曲。/ DOC / SECR的，densitysurfaces.pdf的细节和例子，包括预测和绘图的功能。


注意----------Note----------

Note that no density model is fitted when secr.fit is called with CL = TRUE.
需要注意的是，没有密度模型拟合时，secr.fit被称为CL = TRUE。


参考文献----------References----------

likelihood methods for capture–recapture studies. Biometrics 64, 377–385.

参见----------See Also----------

secr models, secr detection models, secr.fit, Dsurface, predictDsurface, plot.Dsurface
secr models，secr detection models，secr.fit，Dsurface，predictDsurface，plot.Dsurface


实例----------Examples----------


D = ~ 1      ## constant density (homogeneous Poisson)[＃恒定电流密度（齐次泊松）]
D = ~ x      ## east-west trend[东西趋势]
D = ~ cover  ## requires 'cover' as a mask covariate[＃需要盖的面具协]

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