plot.TRAMP(TRAMPR)
plot.TRAMP()所属R语言包：TRAMPR
Plot a TRAMP Object
绘制一个流浪汉对象
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Creates a graphical representation of matches performed by TRAMP. The plot displays (1) “matches”, showing how samples match the knowns and (2) “peak profiles”, showing the locations of peaks for individual enzyme/primer combinations.
创建的图形表示比赛进行TRAMP。该图显示（1）“匹配”，怎么样，相匹配的已知和（2）的“峰形”，呈现出不同的酶/引物组合的峰的位置。
用法----------Usage----------
## S3 method for class 'TRAMP'
plot(x, sample.fk, ...)
TRAMP.plotone(x, sample.fk, grouped=FALSE, ignore=FALSE,
all.knowns=TRUE, all.samples=FALSE,
all.samples.global=FALSE, col=1:10,
pch=if (grouped) 15 else 16, xmax=NULL, horiz.lines=TRUE,
mar.default=.5, p.top=.5, p.labels=1/3, cex.axis=NULL,
cex.axis.max=1)
参数----------Arguments----------
参数：x
A TRAMP object.
ATRAMP对象。
参数：sample.fk
The sample.fk to plot. If omitted, then all samples are plotted, one after the other (this is useful for generating a summary of all fits for printing out: see Example).
sample.fk图。如果省略，那么所有的样品被绘制，一个在另一个之后的（这是有用的，用于产生用于打印出的摘要的所有配合：见实施例）。
参数：grouped
Logical: Should the matched knowns be grouped?
逻辑：如果匹配已知分组？
参数：ignore
Logical: Should matches marked as ignored by remove.TRAMP.match be excluded?
逻辑：如果匹配标记为忽略的remove.TRAMP.match被排除在外呢？
参数：all.knowns, all.samples, all.samples.global
Controls which enzyme/primer combinations are displayed (see Details)
控制酶/引物组合显示（见详情）
参数：col
Vector of colours to plot the different enzyme/primer combinations. There must be at least as many colours as there are different combinations.
向量的颜色来绘制不同的酶/引物组合。至少必须有尽可能多的颜色有不同的组合。
参数：pch
Plotting symbol to use (see points for possible values and their interpretation). By default, this will use filled circles when ungrouped and filled squares when grouped.
使用绘图符号（见points可能的值及其解释）。默认情况下，这不分组时，将使用实心圆和实心正方形组合在一起时。
参数：xmax
Maximum size (in base pairs) for the plots to cover. NULL (the default) uses the range of all data found in the TRAMPsamples object (rounded up to the nearest 100). NA will use the range of all data in the current sample.
图覆盖的最大尺寸（碱基对）。 NULL（默认设置）使用范围的所有数据在TRAMPsamples对象（四舍五入至最接近的100）。 NA将使用当前的样本中的所有数据。
参数：horiz.lines
Logical: Should horizontal grid lines be used for each matched known?
逻辑：如果使用水平网格线，为每一个匹配的被称为？
参数：mar.default
Margin size (in lines of text) to surround the plot.
保证金的大小（行文本）环绕的图。
参数：p.top
Proportion of the plotting area to be used for the “matches”. The “peak profiles” will share the bottom 1-p.top of the plot.
要用于的“匹配”的绘图区域的比例（百分比）。 “峰简介”栏目将底部1-p.top的图。
参数：p.labels
Proportion of the plotting area to be used for labels to the left of the plots. 1-p.labels will be used for the plots (try increasing this if you have very long species or group names).
要用于标签，左侧的图的绘图区域的比例（百分比）。 “”1-p.labels将用于图（尝试增加，如果你有很长的物种或组名）。
参数：cex.axis
Size of the text used for axes. If NULL (the default), then the largest cex that will exactly fit labels is chosen (up to cex.axis.max).
用于轴的文字大小。如果NULL（默认值），那么最大的CEX，将完全符合标签被选中（cex.axis.max）。
参数：cex.axis.max
Maximum size of the text used for axes, if automatically determining the label size (i.e. cex.axis is NULL).
最大尺寸的轴使用的文字，如果自动确定标签的大小（即cex.axis是NULL）。
参数：...
Additional arguments passed to TRAMP.plotone.
额外的参数传递给TRAMP.plotone。
Details
详细信息----------Details----------
This constructs a plot of a TRAMP fit, illustrating where knowns match the sample data, and which sample peaks remain unmatched.
构造一个图的TRAMP适合，说明已知匹配的样本数据，样品峰仍然无可匹敌的。
The top portion of the plot displays “matches”, showing how samples match the knowns. Individual species (or groups if grouped is TRUE) are represented by different horizontal lines. Where the sample matches a particular known, a symbol is drawn (Beware: it may look like only one symbol is drawn when several symbols are plotted on top of one another).
图的顶部显示“匹配”，怎么样，相匹配的已知。个别品种（或一组如果grouped是TRUE）是由不同的水平线。如果样品相匹配的尤其是已知的，一个符号绘制（请注意：它可能看起来像只有一个符号绘制时被绘制在彼此顶部的几个符号）。
The bottom portion of the plot displays the “peak profile” of the sample, showing the locations and heights of peaks for various enzyme/primer combinations (the exact combination depends on the values of all.knowns, all.samples and all.samples.global; see below). The height is arbitrary, so units are ommited.
图的底部显示的“峰形”的样本，显示出的峰的位置和高度的各种酶/引物组合（确切的组合取决于的值all.knowns，all.samples和all.samples.global;见下文）。高度是任意的，，因此单位ommited。
The arguments all.knowns, all.samples and all.samples.global control which enzyme/primer combinations are displayed in the plot. all.knowns=TRUE displays all combinations present in the knowns database and all.samples=TRUE displays all combinations present in the samples; when all.samples.global=TRUE this is combinations across the entire samples data set, otherwise this is samples present in the current sample only. At least one of all.knowns and all.samples must be TRUE.
的参数all.knowns，all.samples和all.samples.global控制在图中显示的酶/引物组合。 all.knowns=TRUE显示所有的组合中存在的已知的数据库和all.samples=TRUE显示所有的组合中存在的样品，当all.samples.global=TRUE这是在整个样本数据集的组合，否则这是样品中存在的电流采样。至少有一个all.knowns和all.samples是TRUE。
注意----------Note----------
While TRAMP.plotone does the actual plot, it should not be called directly; please use plot(x, sample.fk, ...).
而TRAMP.plotone不实际的图，它不应该被直接调用，请使用plot(x, sample.fk, ...)。
参见----------See Also----------
plot.TRAMPknowns, for plotting TRAMPknowns objects, and plot.TRAMPsamples, for plotting TRAMPsamples objects.
plot.TRAMPknowns“的图TRAMPknowns对象，并plot.TRAMPsamples，策划TRAMPsamples对象的。
实例----------Examples----------
data(demo.samples)
data(demo.knowns)
res <- TRAMP(demo.samples, demo.knowns)
plot(res, 101)
plot(res, 110)
plot(res, 117)
plot(res, 117, grouped=TRUE)
## Not run: [＃不运行：]
# Create a PDF file with all matches:[与所有的比赛中创建一个PDF文件：]
pdf("all_matches.pdf")
plot(res)
dev.off()
## End(Not run)[＃（不执行）]
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发表于 2012-10-1 11:43:32
