plot.TRAMPknowns(TRAMPR)
plot.TRAMPknowns()所属R语言包：TRAMPR
Summary Plot of Knowns Data
已知数据图概要
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Creates a plot showing the clustering and profiles of a TRAMPknowns object (a “knowns database”). The plot has three vertical panels;
创建一个图，显示聚类和配置文件的TRAMPknowns对象（一个“已知数据库”）。该图有三个垂直面板;
The leftmost contains a dendrogram, showing how similar the profiles of knowns are (see group.knowns for details).
最左边的包含一个树状图，类似已知的配置文件（见group.knowns）。
The rightmost displays the TRFLP profile for each individual (with a different colour symbol for each different enzyme/primer combination).
最右边的显示的TRFLP的的档案中，为每个单独的（用不同的颜色的符号为每个不同的酶/引物组合）。
The middle panel displays information on the species names and groups of the knowns.
中间的面板显示上的已知物种名称和组的信息。
用法----------Usage----------
## S3 method for class 'TRAMPknowns'
plot(x, cex=1, name="species", pch=1, peaks.col, p=.02,
group.clusters=TRUE, groups.col=1:4, grid.by=5, grid.col="gray",
widths=c(1, 2, 1), ...)
参数----------Arguments----------
参数：x
A TRAMPknowns object.
ATRAMPknowns对象。
参数：cex
Character size for the plot. Because knowns databases can be large, this should be small and may need to be adjusted. Most aspects of the plot will scale with this.
字符大小的图。由于已知的数据库可以是大的，这应该是小的，并且可能需要进行调整。大部分的图方面，将扩大与此有关。
参数：name
Column name to use when generating species names; must be one of species or group.name.
列名使用时产生物种名称，必须是species或group.name之一。
参数：pch
Plotting symbol to use for peaks in the peak profiles.
绘制峰的峰形符号使用。
参数：peaks.col
Vector of colours to plot the different enzymes in the peak profiles. These will be used in the order of the columns of summary(x).
向量的颜色来绘制不同的酶的峰形。这些将被用来在顺序列summary(x)。
参数：p
Scaling factor for the middle plot; this specifies the proportion of the width that elements are spaced horizontally from one another. Columns of text are p apart, brackets grouping knowns are p/2 apart, and cluster groups (if present) are p*2/3 apart.
的比例因子为中间的图，这指定的元素的宽度水平间隔从彼此的比例。列的文本p分开，括号分组已知p/2分开，聚类组（如果存在的话）是p*2/3除了。
参数：group.clusters
Logical: Should groups of clusters (determined by group.strict - see group.knowns) be joined together?
逻辑：组群（由group.strict - 看group.knowns）结合在一起呢？
参数：groups.col
Vector of colours to plot different group clusters in. This will be recycled as neccessary.
向量的颜色来绘制不同的组群。这将被回收作为裁判所。
参数：grid.by
Interval between horizontal grid lines. Grid lines start at ceiling(grid.by/2) from the bottom of the plot. A value of NA suppresses grid lines.
水平网格线之间的时间间隔。网格线开始ceiling(grid.by/2)从底部积。值NA抑制网格线。
参数：grid.col
Colour of the horizontal grid lines.
水平网格线的颜色。
参数：widths
Relative widths of the three panels of the plot (see layout). widths must be a vector of 3 elements, corresponding to the three panels from left to right.
三个小组的图相对宽度（见layout“）。 widths必须是3个元素的向量，对应的由左到右的三个面板。
参数：...
Additional arguments (ignored).
附加参数（忽略）。
注意----------Note----------
In general, there will probably be too many knowns to make a legible plot when displayed on the screen. We recommend creating a PDF of the plot and viewing that instead (see Example).
在一般情况下，有可能会太多已知当在屏幕上显示时，使可阅的图。我们建议创建一个PDF的图和观看，而不是（见例）。
When plotted on the interactive plotting device, if the plot is resized, the plot is likely to look strange.
当绘制在的交互式绘图设备，如果调整该图，该图很可能看起来很奇怪。
参见----------See Also----------
group.knowns, which controls the grouping of knowns, and TRAMPknowns, which constructs
group.knowns，它控制的已知的分组，和TRAMPknowns，它构造
实例----------Examples----------
data(demo.knowns)
plot(demo.knowns)
## Not run: [＃不运行：]
pdf("knowns_summary.pdf", paper="default", width=8, height=11)
plot(demo.knowns)
plot(demo.knowns, group.clusters=FALSE)
dev.off()
## End(Not run)[＃（不执行）]
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-10-1 11:43:38
