colGxGPerms(trio)
colGxGPerms()所属R语言包：trio
Permutation-Based gTDT for Two-Way Interactions
双向互动的组合为基础的gTDT
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Computes the original and permuted values of the test statistic of the gTDT test as proposed by Cordell (2002) for each interaction between the pairs of SNPs in mat.snp.
计算原始和置换后的值的检验统计量的gTDT测试科德尔（2002年）提出的对的SNPs之间的每个交互mat.snp。
用法----------Usage----------
colGxGPerms(mat.snp, n.perm = 1000, genes = NULL, col.out = NULL,
warnError = TRUE, verbose = TRUE, rand = NA)
参数----------Arguments----------
参数：mat.snp
a numeric matrix in which each column represents a SNP. Each column must be a numeric vector of length 3 * t representing a SNP genotyped at t trios. Each of the t blocks must consist of the genotypes of father, mother, and offspring (in this order). The genotypes must be coded by 0, 1, and 2. Missing values are allowed and need to be coded by NA. This matrix might be generated from a ped-file by, e.g., employing ped2geno.
一个数字矩阵，其中每一列代表一个SNP。每列必须是一个数值向量的长度3 * t较SNP基因分型t三重奏。 t块必须由基因型的父亲，母亲和后代（按照这个顺序）。必须被编码的基因型，0，1，和2。遗漏值是允许的，需要进行编码NA。这个矩阵可能会产生的一个PED文件，例如，采用ped2geno。
参数：n.perm
number of permutations of the response for which the permuted values of the test statistic should be computed.
置换后的检验统计量的值的响应应计算的排列数。
参数：genes
a character vector containing the names of the genes to which the SNPs belong. If specified, only the two-way interactions between SNPs from different genes are tested. If NULL, all two-way interactions between all possible pairs of SNPs are tested.
含有基因的SNPs属于名称的字符矢量。如果指定了测试，只有从不同基因的单核苷酸多态性之间的双向互动。如果NULL，对所有可能的SNP位点之间的双向互动测试。
参数：col.out
the output of colGxG with epistatic = TRUE (which is the default in colGxG). If NULL, compPermTDT2way computes the values of the test statistic for the original permutation of the response.
的输出colGxGepistatic = TRUE（这是默认情况下，在colGxG）。如果NULL，compPermTDT2way计算检验统计量的值的响应为原来的排列。
参数：warnError
logical indicating whether the statistics for the gTDT should be returned as NA if the fitting of the conditional logistic regression model fails. This might in particular happen when the two considered SNPs are in (strong) LD.
逻辑表明的gTDT的统计数据是否应该返回NA，如果条件Logistic回归模型的拟合失败。尤其是，这可能发生在两个单核苷酸多态性（强）LD。
参数：verbose
logical indicating whether some information on what is currently computed should be printed.
逻辑指示是否应印有一些信息什么是目前计算。
参数：rand
numeric value. If specified, the random number generator is set into a reproducible state.
数值。如果指定，随机数生成器设置成一个可重复的状态。
值----------Value----------
A list consisting of
列表
参数：stat
a numeric vector containing the original values of the test statistic,
的原始值检验统计量的数字向量，
参数：permStat
a numeric matrix containing the permuted values of the test statistic,
含有置换后的检验统计量的值的一个数字矩阵，
参数：y.perm
a matrix containing the permutations of the response.
一个矩阵包含的响应的排列。
（作者）----------Author(s)----------
Holger Schwender, <a href="mailto:holger.schwender@udo.edu">holger.schwender@udo.edu</a>
参考文献----------References----------
Human Molecular Genetics, 11, 2463-2468.
参见----------See Also----------
colGxG
colGxG
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发表于 2012-10-1 12:05:06
