R语言 MassArray包 MassArrayData-class()函数中文帮助文档(中英文对照)

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MassArrayData-class(MassArray)
MassArrayData-class()所属R语言包：MassArray

                                        Class "MassArrayData"
                                         类“MassArrayData”

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

A data structure containing MassArray data and associated information for a single amplicon
包含一个单一的扩增MassArray数据和相关信息的数据结构


类的对象----------Objects from the Class----------

Objects can be created by calls of the form new("MassArrayData", sequence, file, verbose, fwd.tag, rev.tag, fwd.primer, rev.primer, strand, lower.threshold, upper.threshold, header, skip, sep, comment.char, fill, method, position, ...).
创建对象可以通过检测的形式new("MassArrayData", sequence, file, verbose, fwd.tag, rev.tag, fwd.primer, rev.primer, strand, lower.threshold, upper.threshold, header, skip, sep, comment.char, fill, method, position, ...)。


插槽----------Slots----------




sequence: Nucleotide sequence for unconverted amplicon
sequence：归正扩增的核苷酸序列




chr: Chromosomal position of amplicon
chr：染色体位置扩增




start: Chromosomal position of amplicon
start：染色体位置扩增




end: Chromosomal position of amplicon
end：染色体位置扩增




strand: DNA strand used for amplicon (can be '+' or '-')
strand：为扩增使用的DNA链（可以是+或 - ）




fwd.tag: Nucleotide tag sequence 5' of the forward primer
fwd.tag核苷酸标签序列的正向引物5




rev.tag: T7-containing nucleotide tag sequence 5' of the reverse primer
rev.tag：T7  - 含有核苷酸标签序列5反向引物




fwd.primer: Length (in bp) of forward primer
fwd.primer：正向引物的长度（BP）




rev.primer: Length (in bp) of reverse primer
rev.primer：反向引物的长度（BP）




lower.threshold: Lower limit (in Da) of usable mass window (default: 1500)
lower.threshold：可用质量窗口下限（大）（默认是：1500）




upper.threshold: Upper limit (in Da) of usable mass window (default: 7000)
upper.threshold：可用质量窗口（大）的上限（默认是：7000）




fragments.T: List containing objects of class MassArrayFragment, corresponding to the T-cleavage reaction for the amplicon on the specified strand
fragments.T：含有类对象的名单MassArrayFragment，相应的扩增的T-裂解反应在指定的strand




fragments.C: List containing objects of class MassArrayFragment, corresponding to the C-cleavage reaction for the amplicon on the specified strand
fragments.C：含有类对象的名单MassArrayFragment，相应的C-切割的扩增反应在指定的strand




samples: List containing object of class MassArraySpectrum, each corresponding to spectral data from a single sample
samples：类对象列表，其中包含MassArraySpectrum，每个对应于从单个样品的光谱数据




groups: List of the group name to which each sample belongs
groups：每个样本所属的组名列表




CpG.data: Matrix containing analyzed methylation data, where each row is a sample and each column is a CG dinucleotide site
CpG.data：矩阵含有甲基化数据分析，其中的每一行是一个样本，每一列是一个CG二核苷酸网站




CpG.data.combined: Matrix containing methylation data combined from multiple objects (or collapsed from within a single object), where each row is a sample and each column is a CG dinucleotide site
CpG.data.combined：矩阵含有甲基化数据从多个对象（或从昏倒在一个单一的对象），结合其中的每一行是一个样本，每一列是一个CG二核苷酸网站


方法----------Methods----------




\$ signature(x = "MassArrayData"): ...
\ $signature(x = "MassArrayData")...




\$<- signature(x = "MassArrayData"): ...
\ $ < - signature(x = "MassArrayData")：...




[ signature(x = "MassArrayData"): ...
[signature(x = "MassArrayData")...




initialize signature(.Object = "MassArrayData"): ...
初始化signature(.Object = "MassArrayData")...


作者（S）----------Author(s)----------


Reid F. Thompson (<a href="mailto:rthompso@aecom.yu.edu">rthompso@aecom.yu.edu</a>), John M. Greally (<a href="mailto:jgreally@aecom.yu.edu">jgreally@aecom.yu.edu</a>)



举例----------Examples----------


showClass("MassArrayData")

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注：
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