R语言 SpeCond包 getMatrixFromExpressionSet()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

getMatrixFromExpressionSet(SpeCond)
getMatrixFromExpressionSet()所属R语言包：SpeCond

                                        Obtain the expression matrix from an ExpressionSet object
                                         获得从ExpressionSet对象表达矩阵

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

getMatrixFromExpressionSet method returns an matrix of expression values from an ExpressionSet object. It takes into consideration the need of summarizing the samples values by conditions to perform the SpeCond analysis
getMatrixFromExpressionSet方法返回从ExpressionSet对象的矩阵表达式的值。它考虑到需要执行SpeCond分析总结条件的样本值


用法----------Usage----------


getMatrixFromExpressionSet(expSet, condition.factor = NULL,
                       condition.method = c("mean", "median","max"))



参数----------Arguments----------

参数：expSet
an ExpressionSet object
ExpressionSet对象


参数：condition.factor
a factor object of length equal to the number of columns (samples) of the ExpressionSet object specifying which sample(s) belong to which condition (condition.factor levels); can be extracted from the phenoData
长度等于列数的ExpressionSet指定的样品（S）属于哪个的条件（condition.factor水平）的对象（样本）的因素对象可以从phenoData提取;


参数：condition.method
the method (mean, median or max) to summarise the samples by conditions (defined by the condition.factor vector)
（意思是说，中位数或最大）的方法来概括条件的样本（由定义的condition.factor向量）


Details

详情----------Details----------

For each level of the condition.factor, the expression values of the ExpressionSet object are computed using the condition.method method.  If there is only one sample for a condition the expression value is not changed
对于每condition.factor水平，表达的ExpressionSet对象值计算使用condition.method方法。如果只有一个样本的条件表达式的值不会改变


值----------Value----------

A matrix of expression values of size (number of row in the ExpressionSet * number of level of the condition.factor)
一个矩阵表达式的值的大小（行数的水平的condition.factor的ExpressionSet *数量）


作者（S）----------Author(s)----------


Florence Cavalli, florence@ebi.ac.uk



参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

SpeCond
SpeCond


举例----------Examples----------


library(SpeCond)
data(expSetSpeCondExample)
expSetSpeCondExample
f_Tissues=factor(paste("Tissue_",rep(1:32,each=2),sep=""))
f_Tissues
Mexp=getMatrixFromExpressionSet(expSetSpeCondExample,
  condition.factor=f_Tissues,condition.method="mean")
## or[＃或]
Mexp=getMatrixFromExpressionSet(expSetSpeCondExample,
  condition.factor=expSetSpeCondExample$Tissue,condition.method="mean")

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。